Die alt-katholische Kirche ist ökumenisch offen. Bereits 1874/75 wurden von alt-katholischer Seite Ökumene-Konferenzen nach Bonn einberufen, um eine bessere Verständigung der Kirchen und eine Annäherung der Konfessionen zu initiieren. Als Gründungsmitglied des Ökumenischen Rates der Kirchen (ÖRK) sowie der Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen (ACK) pflegen wir intensive Beziehungen zu anderen Konfessionen. Mit der anglikanischen Kirche, der Unabhängigen Philippinischen Kirche und der lutherischen Kirche von Schweden stehen wir in voller Kirchengemeinschaft.

Vor Ort pflegen wir enge Beziehungen zur anglikanischen Gemeinde St. Thomas Becket. 

In Hamburg sind wir, da wir hier kein eigenes Kirchengebäude besitzen, zu Gast in der evangelischen Hauptkirche St. Trinitatis in Altona. Dort feiern wir sonntags unsere Gottesdienste; auch unser Pfarrbüro befindet sich dort. Mit der St. Trinitatis-Gemeinde feiern wir regelmäßig ökumenische Gottesdienste. In Nord-Niedersachsen dürfen wir für unsere Gottesdienststation einmal im Monat die evangelische St. Petri-Kirche in Neu Darchau nutzen. 

Außerdem arbeiten wir in der Ökumene in Altona mit sowie in der ACK Hamburg, im Ökumenischen Forum HafenCity und in der ACK Lüneburg. 

Unser Verständnis von Ökumene ist die Einheit der Kirchen in der Vielfalt ihrer Konfessionen. Diese Vielfalt ist für uns kein Mangel, sondern ein Ausdruck von Reichtum, da er den Menschen die Möglichkeit bietet, ihren je eigenen Weg zu und mit Gott zu finden. Der Dialog, das gegenseitige Kennenlernen und die Verständigung zwischen den Kirchen ist uns dabei sehr wichtig. 

Dass in der öffentlichen Wahrnehmung unter "Kirche" mit der evangelischen und der römisch-katholischen Kirche oftmals nur die beiden großen Konfessionen verstanden werden, und neben den zahlreichen kleinen Kirchen selbst die Orthodoxie kaum auftaucht, ist bedauerlich und verbirgt den unermesslich großen Schatz, den wir gemeinsam in der Ökumene zu bieten haben.